U stalnom postavu izložena je etnografska, u postavu arheološka, te jednim dijelom kulturno-povijesna i geološko-paleontološka građa
Tijekom Domovinskog rata prostor tvrđave s muzejskim zgradama devastiran je, a fundus je djelomično opljačkan.
Muzej je ponovno otvoren za javnost 1996. g., a muzejski postav smješten je u južnom dijelu tvrđave, postaja Belvedere, u trima obnovljenim zgradama.
U stalnom postavu izložena je etnografska, u postavu arheološka, te jednim dijelom (poluotvoreno) kulturno-povijesna i geološko paleontološka građa. Geološko-paleontološka zbirka predstavljena je geološkim uzorcima i fosilima pronađenima u okolici Knina.
Arheološka zbirka izlaže građu s kninskog područja od prapovijesti, tj. od mezolitika do kasnoga srednjeg vijeka. Iz vremena antike, srednjega i kasnoga srednjeg vijeka potječu kameni spomenici među kojima su ulomci arhitekture (arhitravi, grede, baze stupova), žrtvenici, portreti božanstava, stele, tegule i dr. U postavu etnografske zbirke izloženo je pokućstvo, kućni pribor, predmeti tradicijskog rukotvorstva (vezani za preradu vune, lončarstvo, košaraštvo i drvorezbarstvo), te narodne nošnje s područja Dalmatinske zagore i Bukovice iz 19. i 20. st.
Postav, planiran za treću zgradu Belvedera, prikazat će povijesnu i kulturno-povijesnu građu od postanka grada u ranomu srednjem vijeku do danas, odnosno izbor građe Kulturno-povijesnog odjela u kojemu se nalaze predmeti iz svakodnevnog života što su se upotrebljavali u kućanstvu: pokućstvo, posuđe i dr.; predmeti umjetničkog obrta s kraja 19. i početka 20. st.; tehnička građa s početka i iz prve polovice 20. st. (gramofon, radioprijamnik, dijaprojektori, fotoaparati i sl.); staro oružje, grafike s prikazom Knina iz 17. i 18. st., raznovrsne karte iz 18. i 19. st., stare razglednice prema kojima se može pratiti urbanistički razvoj i izgled grada u drugoj polovici 19. i prvoj polovici 20. st.Zbirka obuhvaća i dokumentarne fotografije i drugu dokumentarnu građu (izvorne dokumente) s kraja 19. i početka 20. st. koja svjedoči o gospodarskom i kulturnom životu grada toga vremena.
Proteklih godina obnovljene zgrade na postaji Belveder (tri objekta) zgrada kustosa, crkvica sv. Barbare, restoran, vijećnica, Loredanova vrata, a 2015. godine obnovljena je zgrada 11 na tvrđavi u kojoj je smješten novi postav Domovinskog rata Oluja 95.
Paralerno s time obnavlja se konstruktivna i građevinska sanacija zidina kninske tvrđave.
Osim o kninskoj povijesnoj cjelini – tvrđavi, Muzej se brine i održava Podgrađe, te neistraženu arheološku zonu brda Spas, na kojemu je otkriveno kasnoantičko i starohrvatsko naselje.